6 المفاهيم الخاطئة الشائعة في عملية استخراج الحمض النووي بواسطة طريقة حبة مغناطيسية

01 الاعتقاد الخاطئ 1: حبات مغناطيسية أكثر ، كلما كان تأثير الاستخراج أفضل.

يميل العديد من المعلمين إلى زيادة كمية الخرز المغناطيسي عندما لا يكون تأثير الاستخراج جيدًا ، معتقدين أن المزيد من الخرز المغناطيسي سيكون قادرًا على امتصاص المزيد من الأحماض النووية. ومع ذلك ، يجب أن يقال أن هذه الفكرة ليست مرغوبة.

الميزة الرئيسية للخرز المغناطيسي هي أنه يمكن تشتتها في السائل والفصل عن الطور السائل بطريقة صلبة تحت عمل مجال مغناطيسي تطبيقي ، وأي نظام كاشف ، يجب ألا تكون نسبة الخرز المغناطيسي والسيئة غير متزايدة أيضًا عن الخسارة التي لا يمكن أن تتجاهلها عن الخسارة ، مع وجود نسبة أكثر من ذلك. يكفي لزيادة كفاءة حبات الحمض النووي والاتصال السائل.

كما أن الخرز المغناطيسي المفرط سوف يمتص المزيد من الشوائب ، والتي لها تأثير كبير على تأثير إزالة الشوائب. هناك حتى أوقات يكون فيها عدد كبير جدًا من الخرزات المغناطيسية يمتص البروتياز والليزوزيم والمكونات الوظيفية الأخرى التي تلعب دورًا رئيسيًا في النظام السائل ، مما يؤدي إلى عدم كفاءة المجموعة بأكملها. هناك عدة مرات عندما يكون تأثير الاستخراج ضعيفًا ، ويقلل من كمية الخرز المغناطيسي المستخدمة ، ولكنه الطريقة المثلى لتحسين تأثير الاستخراج.

عادةً ما تكون جرعة الخرزة المرجعية التي تقدمها مجموعة طريقة الخرزة المغناطيسية مفرطة بعض الشيء ، لذلك لا توجد العديد من الحالات التي تحتاج فيها جرعة الخرزة إلى زيادة كفاءة الامتزاز. ومع ذلك ، إذا تقرر أن تأثير الاستخراج ضعيف بسبب عدم كفاية جرعة الخرزة ، فمن الممكن تحسين تأثير الاستخراج عن طريق زيادة جرعة الخرزة ضمن نطاق معين.

02 الاعتقاد الخاطئ 2: كلما زادت الكواشف المستخدمة ، كان تأثير الاستخراج أفضل.

تأثير التحلل ليس جيدًا؟ أضف المزيد من حل التحلل. تأثير الغسيل ليس جيدًا؟ أضف المزيد من حل الغسيل. هذا هو التفكير المعتاد للعديد من العملاء في استخدام مجموعات الكاشف.

ومع ذلك ، بالنسبة لطريقة حبة المغناطيسية ، فإن كل زيادة في حجم السائل تقلل من فرصة تصادم الخرز المغناطيسي ، وسيؤدي الحد من فرصة تصادم الخرز المغناطيسي إلى انخفاض كبير في معدل الامتصاص. في كثير من الأحيان ، على الرغم من أن الزيادة في حل التحلل ومحلول الغسيل يمكن أن تلعب بالفعل دورًا في تعزيز دور التحلل والغسيل ، لكن جوهر طريقة الخرزة المغناطيسية هو كفاءة التصادمات المغناطيسية ، لا يمكن أن تضمن كفاءة الأحماض النووية ، ولا يمكن أن تضمن تأثير أي تأثير على الاستخدام البسيط في الاستخدام المفرط. بالضرورة فعالة تماما.

03 الاعتقاد الخاطئ 3: كلما زادت الأوقات التي تغسل فيها ، كان تأثير الاستخراج أفضل.

عندما يكون للحمض النووي المستخرج الكثير من الشوائب ، سينظر المستخدم في غسل المزيد من المرات للحصول على المزيد من الحمض النووي النقي. إن زيادة عدد الغسالات تفضي بالفعل إلى تنقية الأحماض النووية ، ولكن مع الأخذ في الاعتبار أن كل غسل سيفقد قدرًا معينًا من الأحماض النووية ، ويزيد من إمكانية التحلل المائي لكسر الحمض النووي ، لذلك بشكل عام ، يتم التحكم في عدد الغسالات في المرتين 2 إلى 4 مرات.

04 الاعتقاد الخاطئ 4: كلما زادت العينات التي اتخذت ، كلما كان تأثير الاستخراج أفضل

في حالة العينة ليست طازجة بما فيه الكفاية أو أن محتوى الحمض النووي نفسه صغير جدًا ، غالبًا ما يكون تأثير استخراج الحمض النووي جيدًا ، سيستخدم العديد من المعلمين المزيد من العينات لزيادة كمية استخراج الحمض النووي.

ومع ذلك ، فإن زيادة كمية العينة التي يتم التقاطها في بعض الأحيان ستقدم الكثير من الشوائب التي تتجاوز قدرة Lysate على LYSE ، وستقلل أيضًا من كفاءة الاستخراج ، لذلك لا ينصح بتحقيق هدف زيادة كمية الاستخراج بمجرد زيادة كمية العينة.

إذا كان حجم الاستخراج منخفضًا جدًا بالفعل بسبب عدم كفاية حجم العينة ، فمن المستحسن أن تمر بخطوة التخصيب أو التركيز في المعالجة المسبقة قبل بدء الاستخراج. أو زيادة اكتمال التحلل لفضح المزيد من الأحماض النووية هو أيضًا حل.

05 الاعتقاد الخاطئ 5: إذا كان نوع واحد من الخرزة جيدًا ، فيجب أن يعمل بشكل جيد في جميع التجارب

هناك أنواع مختلفة من الخرز المغناطيسي ، وحجم الجسيمات المختلفة ، والتشتت المختلفة ، ووقت الاستجابة المغناطيسية المختلفة ، ومصفوفة قاعدة التغليف المختلفة ، ومجموعات وظيفية مختلفة لتعديل الطبقة الخارجية ، وكثافة التغليف المختلفة ، وأطوال ذراع المجموعة الوظيفية المختلفة ، والتي ستؤدي إلى نطاق واسع من خصائص الخرزة المغناطيسية.

لذلك ، يتم تكييف الخرزات المغناطيسية المختلفة مع تجارب وأنظمة مختلفة. تمامًا مثل نفس الكواشف لاستخراج الحمض النووي ليست بالضبط نفس الصيغة ، فإن نفس الخرز المغناطيسي المطبقة على استخراج الحمض النووي ليست هي نفسها في الطبيعة بالضبط.

تُظهر بعض الخرزات المغناطيسية كفاءة أعلى للامتصاص في استخراج حمض النوى النوكليك ، في حين أن البعض الآخر أكثر ملاءمة لاستخراج الحمض النووي النزرة. بعض الخرزات المغناطيسية مناسبة للسلسلة الحمضية من أنظمة الكاشف ، وبعض الخرزات المغناطيسية مناسبة للسلسلة القلوية من أنظمة الكاشف. بعض الخرزات المغناطيسية لها استجابة مغناطيسية جيدة ولكنها سرعة تسوية سريعة ، والتي تعد أكثر ملاءمة للمستخرج التلقائي من نوع القضيب المغناطيسي ؛ بعض الخرزات المغناطيسية لها سرعة تسوية بطيئة ولكن وقت الاستجابة المغناطيسية الطويلة ، وهو أكثر ملاءمة لمستخرج التلقائي من نوع ماصة.

نادراً ما يمكن أن تكون الخرزات المغناطيسية مناسبة لجميع التجارب ، بالإضافة إلى المجموعة الثابتة ، في معظم الحالات ، يجب على الخرز المغناطيسي وأنظمة الكاشف القيام بوقت معين مع التعديل.

06 سوء فهم 6: المقارنة مع مجموعة معينة ليست جيدة ، أي أن الخرزات المغناطيسية ليست جيدة.

العديد من العملاء في عملية فحص الخرز المغناطيسي في نظام الكاشف الناضج بالفعل ، ببساطة كمية متساوية من استبدال الخرز المغناطيسي ، المستخدمة لمقارنة تأثير الخرز المغناطيسي.

سيستنتج هذا بسهولة أن حبة مغناطيسية معينة ليست فعالة ، ولكن في الواقع ، بسبب الخرز المغناطيسي المختلفة المناسبة للأنظمة المختلفة والجرعة مختلفة ، غالبًا ما تحتاج إلى تعديلها من أجل الحصول على نتائج استخراج أفضل.