6 باور غلط رایج در فرآیند استخراج اسید نوکلئیک با روش مهره مغناطیسی

01 تصور اشتباه 1: هرچه دانه های مغناطیسی بیشتر باشد، اثر استخراج بهتر است.

بسیاری از معلمان زمانی که اثر استخراج خوب نیست، تمایل دارند مقدار دانه های مغناطیسی را افزایش دهند، زیرا فکر می کنند که دانه های مغناطیسی بیشتری قادر به جذب اسیدهای نوکلئیک بیشتری خواهند بود. با این حال، باید گفت که این ایده مطلوب نیست.

ویژگی اصلی دانه های مغناطیسی این است که هم می توانند در مایع پراکنده شوند و هم به صورت جامد از فاز مایع تحت تأثیر میدان مغناطیسی اعمال شده جدا شوند. برای افزایش کارایی دانه های اسید نوکلئیک و تماس مایع کافی باشد.

و دانه های مغناطیسی بیش از حد نیز ناخالصی های بیشتری را جذب می کند که تأثیر زیادی در اثر حذف ناخالصی ها دارد. حتی مواقعی وجود دارد که دانه‌های مغناطیسی بیش از حد پروتئاز، لیزوزیم و سایر اجزای عملکردی را که نقش عمده‌ای در سیستم مایع بازی می‌کنند جذب می‌کنند و منجر به ناکارآمدی کل کیت می‌شوند. مواقعی وجود دارد که اثر استخراج ضعیف است، میزان استفاده از دانه های مغناطیسی را کاهش دهید، اما بهترین راه برای بهبود اثر استخراج است.

معمولاً دوز مهره مرجع ارائه شده توسط کیت روش مهره مغناطیسی کمی بیش از حد است ، بنابراین موارد زیادی وجود ندارد که دوز مهره برای بهبود راندمان جذب افزایش یابد. با این حال، اگر مشخص شود که اثر استخراج به دلیل دوز ناکافی مهره ضعیف است، می توان با افزایش دوز مهره در یک محدوده خاص، اثر استخراج را بهبود بخشید.

02 تصور اشتباه 2: هرچه معرف های بیشتری استفاده شود، اثر استخراج بهتر است.

اثر لیز خوب نیست؟ محلول لیز بیشتری اضافه کنید. اثر شستشو خوب نیست؟ محلول شستشوی بیشتری اضافه کنید. این تفکر همیشگی بسیاری از مشتریان در استفاده از کیت های معرف است.

اما برای روش مهره مغناطیسی، هر افزایش حجم مایع، احتمال برخورد دانه های مغناطیسی را کاهش می دهد و کاهش احتمال برخورد دانه های مغناطیسی منجر به کاهش قابل توجهی در سرعت جذب می شود. بنابراین اغلب، اگرچه افزایش محلول لیز و محلول شستشو در واقع می‌تواند نقشی در افزایش نقش لیز و شستشو داشته باشد، اما هسته اصلی روش استخراج دانه‌های مغناطیسی، راندمان جذب دانه‌های مغناطیسی اسیدهای نوکلئیک است، نمی‌تواند کارایی هسته‌های مغناطیسی را تضمین کند، بنابراین نمی‌توان کارایی اسید را افزایش داد. در استفاده از معرف برای بهبود اثر استخراج لزوما به طور کامل موثر نیست.

03 تصور اشتباه 3: هر چه تعداد دفعات شستشو بیشتر باشد، اثر استخراج بهتر است.

هنگامی که اسید نوکلئیک استخراج شده دارای ناخالصی های بیش از حد باشد، کاربر دفعات بیشتری را شستشو می دهد تا اسید نوکلئیک خالص بیشتری دریافت کند. افزایش تعداد شستشوها در واقع منجر به خالص سازی اسیدهای نوکلئیک می شود، اما با توجه به اینکه هر شستشو مقدار مشخصی از اسیدهای نوکلئیک را از دست می دهد و احتمال هیدرولیز شکستگی اسید نوکلئیک را افزایش می دهد، بنابراین به طور کلی تعداد شستشوها در 2 تا 4 بار کنترل می شود.

04 تصور غلط 4: هر چه تعداد نمونه های بیشتری گرفته شود، اثر استخراج بهتر است

در مورد نمونه به اندازه کافی تازه نیست یا محتوای اسید نوکلئیک خود بسیار کم است، اغلب اثر استخراج اسید نوکلئیک خوب نیست، بسیاری از معلمان از نمونه های بیشتری برای افزایش مقدار استخراج اسید نوکلئیک استفاده می کنند.

با این حال، صرفاً افزایش مقدار نمونه گرفته شده، گاهی اوقات ناخالصی های بسیار زیادی را فراتر از قابلیت لیز کردن لیز ایجاد می کند و همچنین باعث کاهش راندمان استخراج می شود، بنابراین رسیدن به هدف افزایش مقدار استخراج صرفاً با افزایش مقدار نمونه گرفته شده توصیه نمی شود.

اگر حجم استخراج واقعاً به دلیل حجم ناکافی نمونه بسیار کم است، توصیه می‌شود قبل از شروع استخراج، مرحله غنی‌سازی یا غلظت را در پیش تصفیه طی کنید. یا افزایش کامل لیز برای افشای بیشتر اسیدهای نوکلئیک نیز یک راه حل است.

05 تصور اشتباه 5: اگر یک نوع مهره خوب است، باید در همه آزمایش ها خوب عمل کند

انواع مختلفی از مهره های مغناطیسی، اندازه ذرات مختلف، پراکندگی متفاوت، زمان پاسخ مغناطیسی متفاوت، ماتریس پایه کپسوله سازی مختلف، گروه های عملکردی اصلاح لایه بیرونی مختلف، چگالی کپسولاسیون متفاوت، طول بازوهای گروه عملکردی مختلف وجود دارد که منجر به طیف گسترده ای از ویژگی های مهره های مغناطیسی می شود.

بنابراین، دانه های مغناطیسی مختلف با آزمایش ها و سیستم های مختلف سازگار می شوند. درست مانند معرف‌های مشابه برای استخراج اسید نوکلئیک دقیقاً فرمول یکسانی ندارند، همان دانه‌های مغناطیسی که برای استخراج اسید نوکلئیک استفاده می‌شوند، در طبیعت دقیقاً یکسان نیستند.

برخی از دانه های مغناطیسی راندمان جذب بالاتری را در استخراج اسید ماکرونوکلئیک نشان می دهند، در حالی که برخی دیگر برای استخراج اسید نوکلئیک مناسب تر هستند. برخی از دانه های مغناطیسی برای سری های اسیدی سیستم های معرف و برخی از دانه های مغناطیسی برای سری های قلیایی سیستم های معرف مناسب هستند. برخی از مهره های مغناطیسی پاسخ مغناطیسی خوبی دارند اما سرعت ته نشینی سریع دارند که برای استخراج خودکار نوع میله مغناطیسی مناسب تر است. برخی از دانه های مغناطیسی دارای سرعت ته نشینی آهسته اما زمان پاسخ مغناطیسی طولانی هستند که برای استخراج اتوماتیک نوع پیپت مناسب تر است.

به ندرت یک مهره مغناطیسی می تواند برای همه آزمایش ها مناسب باشد، علاوه بر کیت ثابت، در اغلب موارد، دانه های مغناطیسی و سیستم های معرف باید مدت زمان مشخصی را با تنظیم انجام دهند.

06 تصور غلط 6: مقایسه با یک کیت خاص خوب نیست، یعنی دانه های مغناطیسی خوب نیستند.

بسیاری از مشتریان در فرآیند غربالگری دانه های مغناطیسی در سیستم معرف در حال حاضر بالغ، به سادگی مقدار مساوی جایگزینی دانه های مغناطیسی، برای مقایسه اثر دانه های مغناطیسی استفاده می شود.

این به راحتی به این نتیجه می رسد که یک مهره مغناطیسی خاص موثر نیست، اما در واقع، به دلیل متفاوت بودن دانه های مغناطیسی مناسب برای سیستم های مختلف و دوز متفاوت است، اغلب نیاز به تنظیم برای به دست آوردن نتایج استخراج بهتر است.